Home > Onderzoek
Onderzoek
Ik heb dyslexie, hierdoor gaat het lezen van boeken mij niet zo goed af. Meestal lees ik zo min mogelijk, en probeer ik de rest zelf te ontdekken.
Het aller leukste vind ik om de dingen die ik heb ontdekt door te geven aan anderen. Het doel van deze pagina om zo veel mogelijk van mijn ontdekkingen openbaar te maken.
Ik ben in september 2018 begonnen met de Topmaster Nanoscience. Dit is een zware studie. Helaas heb ik hierdoor minder tijd om hier nieuwe stukjes te plaatsen.
De Topmaster Nanoscience is een trainingstraject naar PhD toe. PhD-studenten zijn betaalde onderzoekers. Het lijkt me geweldig om later van m'n hobby mijn werk te maken.
Rijksuniversiteit Groningen
Ik heb van september 2014 tot augustus 2018 scheikunde aan de Rijksuniversiteit Groningen gestudeerd, en heb m'n bachelordiploma gehaald. Veel onderzoek wat ik hier heb gedaan vielen onder de practicum-vakken. Dit mag helaas niet gepubliceerd worden omdat het plagiaat in de hand werkt.
Mijn bachelor-thesis ging over het testen van een nieuw force-field voor moleculaire dynamica, met als titel: ``Exploring the limits of CG-martini 3''. Destijds mocht ik mijn onderzoeksverslag niet openbaar maken, mede omdat Martini 3 nog niet gepubliceerd was. Inmiddels is dit wel het geval. M'n bachelorscriptie kun je hier downloaden.
In het studie jaar 2017-2018 heb ik vooral natuurkunde vakken gevolgd. Dit heeft me (nog) geen nieuwe wetenschappelijke publicaties opgeleverd, maar het gaf wel wat extra diepgang en achtergrond op zaken waar bij scheikunde haastig overheen gevlogen werd.
Inmiddels ben ik afgestudeerd in Topmaster Nanoscience, en heb ik een beetje ervaring met onderzoek. Daar waar vroeger Google je beste vriend was, moet ik het nu vaak hebben van papers, m'n collega's, of het zelf ontdekken. Soms blijkt dat ene feitje wat je eigenlijk nodig hebt, wetenschappelijk onbekend is. ``Welcome on the edge of knowledge. This is where science starts!''
This master research project was done in the group of theory of condensed matter (ToCM), under supervision of Thomas La Cour Jansen, and with Remco Havenith as second examiner.
Starting date: May 2020
Presentation date: 21 July 2021
Title: Building a Functional Martini model of ATP Synthase
This PhD proposal was written for the Molecular Dynamics group in Groningen, under supervision of Thomas La Cour Jansen, and Fabian Grünewald.
Presentation date: 2021-01-11 (View presentation)
Proposal deadline: 2021-03-01 (Read proposal)
Dit is de tutorial die ik voor de cursus "Programmeren voor Levenswetenschappen" (PvL) geef: Hoe breken we een groot probleem op in kleine puzzel-stukjes?
Title: Revealing Spectral Inhomogeneity in Cyanine Dye Aggregates
This small research project was done in the group of optical condensed matter physics (OCMP), under supervision of Maxim Pshenichnikov, and Björn Kriete.
Starting date: 2019-02-07
Presentation date: 2019-10-07
Correctie tentamen
Hieronder het bericht van Erik van der Giessen, een professor in Mechanica, dat op 22 november 2017 Nestor werd geplaatst.
---
Question 1e in M&R Exam Oct 31, 2017
Question 1e reads:
and answer A was scored as being correct. Some students, however, argued that the correct answer should be B. Eventually, Teun Zijp convinced me by carefully plotting the solutions for initial conditions x(0)=1 and dx/dt(0)=0 by means of Mathematica:
All exam papers will therefore be re-checked, and both answer A and B will get 1 point. It may take a couple of days, however, before this is done and the corrected grades for NAMR1 will appear on Progress. I apologize for the inconvenience.
E. van der Giessen
---
Het notebook werd in december 2017 gepubliceerd op http://demonstrations.wolfram.com.
Download het Mathematica notebook.
Overig onderzoek
Ik erger me aan mensen die beweren dat mannen en vrouwen anders zijn.
Op 25 september 2018 was ik bij een lezing "De man is geen jager", door Jelto Drenth. Hij begon zijn lezing als volgt:
"Geacht publiek, ik groet u gender neutraal om een statement te maken. De verschillen tussen man en vrouw zijn overrated. Dit komt mede dankzij de publicaties van Diederik Stapel, die zijn meetresultaten uit zijn duim zuigt."
Dit word onder meer onderschreven wanneer een van zijn conclusies getest word. Zo kwam Diederik stapel tot de conclusie dat mannen eerder geneigd zijn om impulsief risico te nemen dankzij het feit dat ze hogere testosteron spiegels hebben.
Het verschil in testosteron concentraties tussen mannen en vrouwen (zie hierboven) is inderdaad aanwezig en significant. Bron: Researchgate.
Hierboven is de histogram van de mate waarin mannen en vrouwen impulsieve risico's nemen. Er is inderdaad een verschil, en wanneer de sample size groot genoeg is, mag dit wetenschappelijk gezien ook "een significant verschil" genoemd worden. Maar laten we wel wezen, het verschil tussen mannen en vrouwen is zo goed als verwaarloosbaar, en de correlatie met testosteron is ver te zoeken. Bron: Researchgate.
Oud onderzoek
Al van jongs af aan vind ik het leuk om experimenten te doen, zoals dingen in de magnetron stoppen, kijken wat het stroomverbruik / rendement is van apparaten, andere dingen te meten, berekeningen te maken, en zo dingen te weten te komen.
Omdat ik me kan voorstellen dat je het leuk vind om een paar experimenten te zien, maar je er zelf geen apparatuur voor hebt of een magnetron voor wilt opofferen, maak ik zo veel mogelijk van mijn onderzoek openbaar.
Profielwerkstuk: Geluid in grote installaties
In de magnetron: BioEthanol + starter (tl-lamp), omdat dit de enige combinatie is om met bio-ethanol een steekvlam in een magnetron te krijgen
In de magnetron: aluminium-folie, ook altijd leuk!
In de magnetron: een gloeilamp, wat zal daar nu mee gebeuren?
Onderhoud aan apparatuur, gepland en ongepland onderhoud.